10 năm sau sự kiện tàu Prometheus bị mất tích tại hành tinh LV-223. Tàu Covernant chở 2000 người di cư hướng về hành tinh Origae-6 với mục đích khai phá miền đất mới, trong thời gian di chuyển tàu Covernant gặp sự cố về tấm pin năng lượng mặt trời và phải dừng lại giữa chừng để sửa chữa. Sau khi việc sửa chữa kết thúc, một tín hiệu lạ được truyền đến và những thành viên trên tàu đem về phân tích. Tín hiệu sau khi được họ phân tích thì được rõ nó phát ra từ khu vực số 87, điểm đặc biệt là hành tinh này có điều kiện tương tự như Trái Đất. Nếu đi đến đó họ chỉ mất vài tuần, còn nếu đi đến Origae-6 thì họ phải mất vài năm. Cả đoàn lúc này quyết định bay đến khu vực số 87, từ đó trở đi cơn ác mộng của tàu Covernant mới thật sự bắt đầu.